Eins og búfjáreigendur vita er landinu skipt upp í 22 varnarsvæði með svokölluðum varnarlínum sem ýmist eru girðingar eða náttúrulegar hindranir. Upphaflegur tilgangur þessa fyrirkomulags var að varna útbreiðslu sauðfjársjúkdóma sem borist höfðu með innflutningi á karakúlfé frá Þýskalandi árið 1933. Um var að ræða sjúkdómana garnaveiki og mæðiveiki (votamæði og þurramæði). Varnarhólfin voru liður í aðgerðum sem ráðist var í til útrýmingar á sjúkdómunum. Fé var fargað á sýktum svæðum og nýtt tekið í staðinn frá ósýktum svæðum. Votamæði var útrýmt árið 1952 en þurramæði árið 1965. Ekki tókst jafn vel til með garnaveiki og er hún enn til staðar. Eftir að bólusetning var tekin upp hefur tíðni garnaveiki þó minnkað mikið og hefur henni verið útrýmt á nokkrum svæðum.

Í fræðsluefni Matvælastofnunar kemur fram að varnarlínurnar gegna einnig mikilvægu hlutverki í aðgerðum sem lúta að upprætingu riðuveiki. Sömuleiðis geta varnarlínurnar haft mikla þýðingu við að stemma stigu við útbreiðslu nýrra smitsjúkdóma. Til skamms tíma var litur á eyrnamerkjum sauðfjár mismunandi eftir varnarhólfum (1-5 litir í hverju hólfi) en með nýrri reglugerð um merkingar og skráningar dýra nr. 987/2026 hefur litur eyrnamerkja verið gefinn frjáls, með einni undantekningu þó. Rauðan lit á eyrnamerkjum má einungis nota með leyfi yfirdýralæknis.  

Strangar reglur gilda um flutning á lifandi jórturdýrum, tækjum og ýmsum varningi yfir varnarlínur. Samkvæmt lögum um dýrasjúkdóma nr. 25/1993 er Matvælastofnun heimilt að takmarka eða banna flutning dýra, vöru eða tækja milli eða innan sóttvarnarsvæða telji stofnunin að það valdi eða sé líklegt til að valda útbreiðslu sjúkdóma meðal dýra. Í lögunum segir ennfremur að óheimilt sé að flytja sauðfé til lífs yfir varnarlínur, nema þegar um er að ræða endurnýjun bústofns vegna niðurskurðar af völdum sjúkdóma og/eða vegna búháttabreytinga, eða kynbóta. Þar segir einnig að sleppi sauðfé yfir varnarlínur skuli því slátrað, en það er ekki algilt lengur skv. nýrri reglugerð um flutning sauð- og geitfjár nr. 253/2026. Í þeirri reglugerð koma fram nákvæmar reglur er varða flutning sauð- og geitfjár yfir varnarlínur. Nautgripi má aðeins flytja til lífs yfir varnarlínur að fram hafi farið sérstök rannsókn á heilbrigði þeirra.